circRNA pull down技術(shù)服務(wù)
circrna pull down技術(shù)原理
目前，circrna pull down技術(shù)絕大部分是基于接口序列設(shè)計探針捕獲circrna及其結(jié)合蛋白。由于受限于接口處序列特征，很多circrna無法設(shè)計出理想的探針，最終導(dǎo)致實驗失敗。 我司開發(fā)了一種新型的circrna pull down方法，通過構(gòu)建circrna過表達載體，使circrna連上一段16nt的短rna序列標(biāo)簽（命名為f2），該標(biāo)簽與其特異性配體具有很強的親和力，因此可利用該系統(tǒng)高效調(diào)取靶rna序列及其結(jié)合蛋白。最終通過western blot或lc-ms/ms實驗檢測洗脫液中靶rna的潛在結(jié)合蛋白，還可通過qpcr實驗檢測能夠結(jié)合靶circrna的mirna。
憑借10多年的 rna 研究經(jīng)驗，輝駿生物已掌握先進的 circrna pull-down 技術(shù)，幫助您識別 mirna/rbp 和 circrna 之間的相互作用。每個項目都是完全定制的，以滿足您的科學(xué)需求，我們經(jīng)驗豐富的團隊可以為任何個人要求提供靈活的解決方案，以更快的周轉(zhuǎn)時間和更低的價格向客戶保證最可靠和最有效的研究服務(wù)。如果您對circrna pull-down有任何實驗問題，請隨時與我們聯(lián)系！
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circrna pull-down技術(shù)實驗流程
circrna pull down技術(shù)實驗.bmp
應(yīng)用領(lǐng)域
coip技術(shù)服務(wù).bmp
circrna pull down應(yīng)用背景
環(huán)狀rna（circrna）是單鏈共價閉合的rna分子，廣泛存在于各物種中。據(jù)抱到，circrna可作為轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子、microrna海綿和蛋白翻譯模板發(fā)揮生物學(xué)功能，
除此之外，circrna還可以結(jié)合蛋白質(zhì)來發(fā)揮作用，如：
1
與兩種蛋白均相互作用，促進或解離它們之間的相互作用。
2
與一種蛋白相互作用，促進或解離其與另一種蛋白的相互作用。
3
與一種蛋白（如轉(zhuǎn)錄因子或酶）相互作用，促進或抑制其與靶dna序列的結(jié)合。
4
與一種蛋白（如調(diào)控mrna剪接、穩(wěn)定和翻譯的rna結(jié)合蛋白）相互作用，促進或抑制其與其他rna的結(jié)合。
5
與一種蛋白相互作用，影響它的胞內(nèi)運輸和定位（如核質(zhì)轉(zhuǎn)運等），進而影響該蛋白的功能。
以上這些作用模式又不是相互獨立的，而是可能存在重疊。
由于蛋白質(zhì)是幾乎所有生命活動的直接效應(yīng)分子，因此研究circrna與蛋白的相互作用極大地拓展了我們對circrna功能的認知。
circrna pull down研究案例-客戶文章解析
circrna pull down研究案例
circrhot1通過激活nr2f6促進肝細胞癌進程
研究背景
利用在線數(shù)據(jù)庫對肝細胞癌(hcc)組織和癌旁組織的circrna表達水平分析顯示，circrhot1是在hcc中上調(diào)很明顯的一種保守性的circrna，因此作者以circrhot1為對象研究了其在hcc中的作用機制。
研究路線
1
2
northern印跡、qrt-pcr、原位雜交等實驗確認了circrhot1在hcc組織中高表達
體內(nèi)和體外實驗證明circrhot1促進hcc增殖、遷移和侵襲
3
4
rna-seq等技術(shù)分析了circrhot1缺失后的差異表達基因，其中nr2f6下調(diào)最多
chirp實驗發(fā)現(xiàn)circrhot1富集在nr2f6啟動子轉(zhuǎn)錄起始位點
5
6
chip-qpcr等實驗顯示敲除circrhot1影響了nr2f6啟動子轉(zhuǎn)錄起始位點組蛋白修飾，且rna聚合酶ii不能再結(jié)合該啟動子，circrhot1促進nr2f6轉(zhuǎn)錄
cicrrna pull down結(jié)合質(zhì)譜實驗發(fā)現(xiàn)tp60是circrhot1的潛在結(jié)臺蛋白, cicrrna pull down wb、 rip-qpcr等實驗確定了這一結(jié)果
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chip和基因表達實驗表明circrhot1對pip60介導(dǎo)的nr2f6表達至關(guān)重要
表達和功能檢測發(fā)現(xiàn)nr2f6在腫瘤組織中上調(diào)，且促進hcc增殖、遷移和侵襲，circrhot1通過激活nr2f6促進hcc進程
研究結(jié)論
circrhot1通過募集tip60蛋白到nr2f6啟動子來促進其表達，進而促進hcc進程。circrhot1和nr2f6是hcc預(yù)后的潛在生物標(biāo)志物，但由于在hcc患者中抑制circrhot1較為困難，因此藥理學(xué)上抑制nr2f6可能更有希望。
客戶文獻
wang l.y. circular rna circrhot1 promotes hepatocellular carcinoma progression by initiation of nr2f6 expression. molecular cancer. 2019. (if= 27.401).
